Le renforcement des capacités à innover apparaît comme un nouveau moyen pour assurer un développement durable dans les pays du Sud. Dans le secteur de l'agriculture, l'innovation est essentiellement collective, ce qui appelle les chercheurs à sortir de leur rôle de producteurs de connaissances pour s'engager auprès des acteurs en situation d'innovation. Si une diversité de pratiques de recherche engagée sont apparues, il n'existe cependant pas aujourd'hui une vision claire des différentes façons dont les chercheurs contribuent à l'innovation.

Au cours des vingt dernières années, l’évolution des politiques économiques au Nord comme au Sud a été marquée par la mise en place de processus de libéralisation. Selon les contextes institutionnels, la libéralisation peut prendre des formes très contrastées. Au Costa Rica, suite à l’adhésion du pays à l’OMC, la libéralisation de la filière haricot a été très marquée, du fait d’une protection tarifaire basse, alors que celle de la filière lait n’a pas été effective, du fait d’une protection tarifaire élevée, notamment.